1913 stiftet der gebürtige Obergünzburger Karl Nauer (1874–1962), als Kapitän des Norddeutschen Lloyd zwischen 1903 und 1913 in Deutsch-Neuguinea tätig, seinem Heimatort für das sich im Aufbau befindende Ortsmuseum eine umfangreiche ethnographische Sammlung aus dem deutschen Kolonialgebiet im Pazifik. An die 1.450 Alltags- und Kultgegenstände vor allem von den Admiralitätsinseln, Neuirland und von den nördlichen Salomonen. Waffen und Muschelgeld, Masken und Ahnenfiguren. Hierfür wird Karl Nauer das Ehrenbürgerrecht seiner Gemeinde verliehen.

2009 bezieht die „Südsee-Sammlung“ als herausragendes kulturelles Erbe der Marktgemeinde einen Museumsneubau – ein kubischer Baukörper unter begrüntem Flachdach ergänzt nun das Ensemble der denkmalgeschützten Gebäude. Mit diesem Schritt beginnt auch eine aktive Auseinandersetzung mit dem kolonialen Entstehungskontext dieses Bestandes. Zur Neueröffnung zieht außerdem ein zeitgenössisches traditionelles Wohnhaus von der Insel Pentecost, Vanuatu, in das Museum ein.

Anspruch der Südsee-Sammlung und des Historischen Museums Obergünzburg ist, Heimatgeschichte(n), vergangene Alltagskultur(en) und die Lebenswirklichkeit auf einer pazifischen Insel anschaulich und zielgruppengerecht zu vermitteln.